Phylum Cercozoa Cavalier-Smith, 1998
   Subphylum Filosa T. Cavalier-Smith & E.E.-Y. Chao, 2003
     1 Superclass Monadofilosa Cavalier-Smith, 1997 see Subphylum Monadofilosa Cavalier-Smith, 1997
     2 Superclass Reticulofilosa Cavalier-Smith, 1997 see Subphylum Reticulofilosa Cavalier-Smith, 1997