Phylum Ascomycota Caval.-Sm. (1998) - sac fungi
   001 Subphylum Pezizomycotina O.E. Erikss. & Winka (1997)
   002 Family Amorphothecaceae Parbery (1969)
   003 Family Aphanopsidaceae Printzen & Rambold (1995)
   004 Family Aspidotheliaceae Räsänen ex J.C. David & D.Hawksw. (1991) see Family Thelenellaceae O.E. Erikss. ex H. Mayrhofer (1987)
   005 Family Baeomycetaceae Dumort. (1829)
   006 Family Batistiaceae Samuels & K.F. Rodrigues (1989)
   007 Family Coccotremataceae Henssen ex J.C. David & D.Hawksw. (1991)
   008 Family Coniocybaceae Rchb. (1837)
   009 Family Diporothecaceae R.K. Mibey & D.Hawksw. (1995)
   010 Family Eoterfeziaceae G.F.Atk. (1902)
   011 Family Epigloeaceae Zahlbr. (1903)
   012 Family Hispidicarpomycetaceae Nakagiri (1993)
   013 Family Koralionastetaceae Kohlm. & Volkm.-Kohlm. (1987)
   014 Family Lautosporaceae Kohlm., Volkm.-Kohlm. & O.E. Erikss. (1995)
   015 Family Mastodiaceae Zahlbr. (1907) see Family Verrucariaceae Zenker (1827)
   016 Family Microcaliciaceae Tibell (1984)
   017 Family Mucomassariaceae Petr. & Cif. (1932)
   018 Family Phyllobatheliaceae Bitter & F. Schill. (1927) see Family Strigulaceae Zahlbr. (1898)
   019 Family Pleurotremataceae W. Watson (1929)
   020 Family Protothelenellaceae Vězda, H. Mayrhofer & Poelt (1985)
   021 Family Pseudeurotiaceae Malloch & Cain (1970)
   022 Family Saccardiaceae Höhn. (1909)
   023 Family Seuratiaceae Vuill. ex M.E.Barr (1987)
   024 Family Testudinaceae Arx (1971)
   025 Family Thelenellaceae O.E. Erikss. ex H. Mayrhofer (1987)
   026 Family Thelocarpaceae Zukal (1893)
   027 Family Xanthopyreniaceae Zahlbr. (1926)
   028 Genus Abrothallus De Not. (1845)
   029 Genus Allophoron Nádv. (1942)
   030 Genus Antimanoa Syd. (1930)
   031 Genus Apiotypa Petr. (1925)
   032 Genus Argentinomyces N.I. Peña & Aramb. (1997)
   033 Genus Arthopyreniomyces Cif. & Tomas. (1953) see Genus Arthopyrenia A.Massal. (1852), nom. cons.
   034 Genus Ascocorticiellum Jülich & B. de Vries (1982)
   035 Genus Ascomauritania V.M. Ranghoo & K.D.Hyde (1999) see Genus Ascomauritiana Ranghoo & K.D.Hyde (1999)
   036 Genus Ascosorus Henn. & Ruhland (1900)
   037 Genus Ascosubramania Rajendran (1997)
   038 Genus Ascoxyta Lib. (1830), nom. dub.
   039 Genus Astomella Thirum. (1947)
   040 Genus Atractobolus Tode (1790), nom. sanct.
   041 Genus Baculospora Zukal (1887)
   042 Genus Batistospora J.L. Bezerra & M.P. Herrera (1964)
   043 Genus Berggrenia Cooke (1879)
   044 Genus Biflua Jørg. Koch & E.B.G.Jones (1989)
   045 Genus Brucea Rikkinen (2003)
   046 Genus Bresadolina Rick (1928)
   047 Genus Carnia Bat. (1960)
   048 Genus Cerastoma Quél. (1875), orth. inval. see Genus Ceratostoma Fr. (1818)
   049 Genus Cladosphaera Dumort. (1822)
   050 Genus Clathroporinopsis M. Choisy (1929)
   051 Genus Clypeolum Speg. (1881)
   052 Genus Coryneliella Har. & P.Karst. (1890)
   054 ?Genus Crinigera I. Schmidt (1985)
   055 Genus Cyanopyrenia H. Harada (1995)
   056 Genus Cylindrotheca Bonord. (1864)
   057 ?Genus Cystodium Fée (1837), nom. rej.
   058 Genus Diaboliumbilicus I.Hino & Katum. (1955)
   059 Genus Diehliomyces Gilkey (1955)
   060 Genus Dipyrgis Clem. (1909)
   061 Genus Discocera A.L.Sm. & Ramsb. (1918)
   062 Genus Dryinosphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   063 Genus Eiona Kohlm. (1968)
   064 ?Genus Elaeomyces Kirchn. (1888), nom. dub.
   065 Genus Endocolium Syd. (1937)
   066 ?Genus Enduria Norman (1885), nom. dub.
   067 Genus Erispora Pat. (1922)
   068 Genus Farriolla Norman (1885)
   069 Genus Feracia Rolland (1905), nom. dub.
   070 Genus Flakea O.E. Erikss. (1992)
   071 Genus Frigidospora K.D.Hyde & Goh (1999) see Genus Frigidispora K.D.Hyde & Goh (1999)
   072 Genus Gaeumanniella Petr. (1952)
   073 Genus Gonidiomyces Vain. (1921), nom. dub.
   074 Genus Gyrophthorus Hafellner & Sancho (1990)
   075 Genus Haematomyxa Sacc. (1884)
   076 Genus Haplopyrenulomyces Cif. & Tomas. (1953)
   077 Genus Hapsidascus Kohlm. & Volkm.-Kohlm. (1991)
   078 Genus Harmandiana B.de Lesd. (1914), nom. dub.
   079 Genus Helicogonium W.L. White (1942)
   080 Genus Heterocyphelium Vain. (1927)
   081 Genus Heuflera Bail (1860)
   082 Genus Hyalodermella Speg. (1918)
   083 Genus Hyalopyrenula O.E. Erikss. (1999), orth. inval. see Genus Hyalopyrenia H. Harada (1996)
   084 Genus Hymenobia Nyl. (1854)
   085 Genus Hypnotheca Tommerup (1970)
   086 Genus Igneocumulus A.W.Ramaley (2003)
   087 Genus Kirschsteiniothelia D.Hawksw. (1985), nom. protect.
   088 Genus Leucoconiella Bat., H. Maia & Peres (1960)
   089 Genus Leucoconis Theiss. & Syd. (1918)
   090 Genus Lichenopeziza Zukal (1884)
   091 Genus Limboria Ach. (1815), nom. sanct., nom. conf.
   092 ?Genus Lithopythium Bornet & Flahault (1891)
   093 Genus Lohwagiella Petr. (1970)
   094 Genus Ludwigomyces Kirschst. (1939)
   095 Genus Lyromma Bat. & H. Maia (1965)
   096 Genus Marisolaris Jørg. Koch & E.B.G.Jones (1989)
   097 Genus Micromastia Speg. (1909)
   098 Genus Molgosphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   099 Genus Mycotodea Kirschst. (1936)
   100 ?Genus Myriococcum Fr. (1823), nom. sanct.
   101 Genus Myrmaecium Nitschke ex Fuckel (1870)
   102 ?Genus Nemacola A.Massal. (1855), nom. dub.
   103 Genus Normandina Nyl. (1855)
   104 Genus Ochrosphaera Sawada (1959)
   105 ?Genus Phacidiostromella Höhn. (1917), nom. dub.
   106 Genus Phaeodothiopsis Theiss. & Syd. (1914), nom. dub.
   107 Genus Phellostroma Syd. & P.Syd. (1914)
   108 ?Genus Phelonitis Chevall. (1826), nom. dub.
   109 Genus Phialisphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   110 Genus Phragmitensis M.K.M. Wong, Poon & K.D.Hyde (1998)
   111 Genus Phthora d'Hérelle (1909)
   112 Genus Phylloporina C.W.Dodge (1948)
   113 Genus Pocsia Vězda (1975)
   114 Genus Porinula Vězda (1975), nom. illeg.
   115 ?Genus Porosphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   116 Genus Potamomyces K.D.Hyde (1995)
   117 Genus Protocalicium Woron. (1927)
   118 Genus Pseudohepatica P.M. Jørg. (1993)
   119 Genus Pseudoperitheca Elenkin (1922)
   120 Genus Psilosphaeria Cooke (1879)
   121 Genus Pteromycula P.F. Cannon (1997)
   122 Genus Pustularia Bonord. (1851), nom. dub.
   123 Genus Pycnodermellina Bat. & H. Maia (1957)
   124 Genus Retrostium Nakagiri & Tad. Ito (1997)
   125 ?Genus Roesleria Thüm. & Pass. (1877)
   126 Genus Roeslerina Redhead (1985)
   127 ?Genus Rostafinskia Speg. (1880), nom. dub.
   128 ?Genus Sachsia Lindner (1895), nom. illeg., nom. dub.
   129 Genus Schistophoron Stirt. (1876)
   130 Genus Scutomyces J.L. Bezerra & Cavalc. (1972) see Genus Microtheliopsis Müll.Arg. (1890)
   131 Genus Splanchnospora O.E. Erikss. (2006), orth. inval. see Genus Splanchospora Lar.N. Vassiljeva (1998)
   132 Genus Stellifraga Alstrup & Olech (1993)
   133 Genus Stigmatea Fr. (1849)
   134 Genus Stigmatisphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   135 Genus Stigmea Fr. (1836)
   136 Genus Swampomyces Kohlm. & Volkm.-Kohlm. (1987)
   137 Genus Symbiotaphrina Kühlw. & Jurzitza ex W. Gams & Arx (1980)
   138 Genus Syphosphaera Dumort. (1822)
   139 Genus Telioclipeum Viégas (1962)
   140 Genus Thallisphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   141 ?Genus Trichoplacia A.Massal. (1853), nom. dub.
   142 Genus Trichosphaera Dumort. (1822), nom. dub.
   143 Genus Tromeropsis Sherwood (1981)
   144 Genus Tylophoron Nyl. ex Stizenb. (1862)
   145 Genus Ulvella (Nyl.) Trevis. (1880), nom. illeg., nom. dub.
   146 Genus Wadeana Coppins & P. James (1978)
   147 ?Genus Wolkia Ramsb. (1915)
   148 Genus Xenomyxa Syd. (1939)
   149 Genus Xylobotryum Pat. (1895)
   150 Genus Xylogone Arx & T. Nilsson (1969)
   151 Subphylum Saccharomycotina O.E. Erikss. & Winka (1997) - budding yeasts
   152 Class Neolectomycetes O.E. Erikss. & Winka (1997)
   153 Class Pneumocystidomycetes O.E. Erikss. & Winka (1997)
   154 Class Schizosaccharomycetes O.E. Erikss. & Winka (1997) - fission yeasts
   155 Class Taphrinomycetes O.E. Erikss. & Winka (1997)
   156 Subphylum Taphrinomycotina O.E. Erikss. & Winka (1997) - basal ascomycetes